Команда была основана базе алма-атинского института физкультуры в 1988 году. Впервые на всесоюзной арене появилась в 1989 году, приняв участие в 3-м турнире на приз еженедельной газеты \"Собеседник\". Тогда же, принимая участие в отборочном турнире к первому чемпионату СССР, заняла первое место в группе «А» и получила путевку на чемпионат страны.

Вместе со штабом ЦСК ВВС перебазируется в Самару в 1991 году. Принимала участие в 1990—2004 годах в играх Чемпионата России. В 1996 году девушки завоевали Кубок Содружества. Являясь четырехкратным чемпионом Кубка страны, который она завоевывала в 1993, 1994, 1996 и 2001 годах, женская футбольная команда ЦСК ВВС была второй по титулованности после воронежской «Энергии».

Команде, ныне расформированной из-за нехватки финансирования, принадлежат следующие рекорды:
Самое большое количество забитых за один матч мячей – в 2003 году выиграли у команды «Анненки» (Калуга) со сетом 16:0
С мая 1993 года по июнь 1995, всего 784 дня, играли без единого поражения
Член команды Ирина Григорьева — единственная футболистка из России, выступавшая за сборную мира
Первый гол команды ЦСК ВВС в чемпионатах России был забит ее капитаном Сауле Джарболовой