Краснодарский футбольный клуб «Жемчужина» был организован в 1988 году, в 1992 году был переименован в «Кубаночку». Как и всех спортивных команд, у футболисток были взлеты и падения, но в результате упорных тренировок и желания побеждать команда вышла в первый дивизион российской женской футбольной лиги, где играла в течении шести лет с 1996 по 2001 год. Высокие места команда не занимала, но уверенно держала средние позиции. В заключительный сезон 2001 года «Кубаночка» играла на четвертом месте.

После пятилетнего перерыва, связанного с обьективными трудностями команда начала качать игры для psp и возрождать традиции женского футбола в Краснодарском крае и 19 января 2007 года, благодаря спонсорской поддержке администрации края, был оформлен нынешний состав команды. Главным тренером назначена бывшая полузащитница кубанской команды, игрок ведущих клубов России, игравшая за профессиональные германские женские футбольные команды, мастер спорта Татьяна Зайцева.

15 ноября 2009 года возрожденный женский футбольный клуб «Кубаночка» выиграл первенство России среди женских команд высшей Лиги в Омске, и победы еще впереди!