Наталья Авдонченко родилась на Украине, в городе Чернигов, 5 июля 1967 года. После окончания Черниговского Педагогического института по специальности «физвоспитание» первое время работала в детском саду. Будучи профессиональной спортсменкой, за время своей футбольной карьеры играла за команду «Легенда» родного города Чернигова, затем за московские коллективы: «Чертаново» «Серп и Молот» «Русь-Москва» «Спартак-Интеррос».

Пятнадцать лет карьеры футбольного арбитра – таков результат, на котором пожелала остановиться Наталья Авдонченко, объявив о прекращении собственной деятельности в этой сфере после проведения матча между «Зорким» и «Мордовочкой» 13 ноября 2012 года. Сама Авдонченко вполне обоснованно считает, что своей карьерой она может гордиться.

С 2004 года Наталья Авдонченко находилась в списке топ-арбитров ФИФА, ее приглашали дважды судить Чемпионаты мира, не говоря уже о других, достаточно крупных международных соревнованиях. По регламенту, у Авдонченко есть еще полгода в запасе, в течение которых она могла бы продолжать свою деятельность арбитра, в том числе, судить первенство России, однако, по признанию спортсменки, она не видит в этом особого смысла.

В качестве дальнейшей деятельности Наталья Авдонченко выбрала работу в инспекторском корпусе. Кроме того, обладая большим опытом и несомненным талантом, Наталья Авдонченко планирует делиться знаниями с молодыми арбитрами, проводя обучающие семинары.

Количество россиянок, входящих в женское представительство судейского корпуса ФИФА с 13 ноября сократилось до семи. Сегодня в этом списке: Ирина Терещенко, Анастасия Пустовойтова, Марина Мамаева, являющиеся судьями в поле, а также Яна Мазанова, Екатерина Курочкина, Альбина Крецкая и Анна Гневышева, выступающие в качестве линейных судей.